一、真菌的定义
定义一：单细胞或多细胞异养真核微生物，无光合色素，细胞壁含几丁质和纤维素。
所属学科：土壤学（一级学科）；土壤生物与土壤生物化学（二级学科）
定义二：一类单细胞或多细胞微生物。不含叶绿素，大都能形成硬的多糖细胞壁。属于真核生物，包括真菌门和黏菌门等。 
所属学科：细胞生物学（一级学科）

二、真菌的分类
真菌是生物界中很大的一个类群，世界上已被描述的真菌约有1万属12万余种，真菌学家戴芳澜教授估计中国大约有4万种。
按照林奈（Linneaus）的两界分类系统，人们通常将真菌门，分为鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门。其中，担子菌亚门是一群多种多样的高等真菌，多数种具有食用和药用价值，如银耳、金针菇、竹荪、牛肝菌、灵芝等，但也有豹斑毒伞、马鞍、鬼笔蕈等有毒种。另外，半知菌亚门中约有300属是农作物和森林病害的病原菌，还有些属是能引起人类和一些动物皮肤病的病原菌，如稻瘟病菌，可以引起苗瘟、节瘟和谷里瘟等。（fungus；eumycetes）是具有细胞核和细胞壁的异养生物。种属很多，已报道的属达1万以上，种超过10万个。其营养体除少数低等类型为单细胞外，大多是由纤细管状菌丝构成的菌丝体。低等真菌的菌丝无隔膜，高等真菌的菌丝都有隔膜，前者称为无隔菌丝（coenocytic hypha)，后者称有隔菌丝(septate hypha)。在多数真菌的细胞壁中最具特征性的是含有甲壳质(chitin)，其次是纤维素。常见的真菌细胞器有：线粒体，微体，核糖体，液泡，溶酶体，泡囊，内质网，微管，鞭毛等；常见的内含物有肝糖，晶体，脂体等。 
真菌通常又分为三类，即酵母菌、霉菌和蕈菌（大型真菌），它们归属于不同的亚门。大型真菌是指能形成肉质或胶质的子实体或菌核，大多数属于担子菌亚门，少数属于子囊菌亚门。常见的大型真菌有香菇、草菇、金针菇、双孢蘑菇、平菇、木耳、银耳、竹荪、羊肚菌等。它们既是一类重要的菌类蔬菜，又是食品和制药工业的重要资源。

三、真菌的起源和演化　　
真菌的起源、演化和系统发育的研究，最初是根据比较形态学和细胞学的资料。近30年内，随着科学技术的发展和新技术的广泛应用，例如 G—C含量、胞壁的多糖组分和结构的研究、各类真菌色氨酸生物合成途径的酶沉降图型、赖氨酸的两种不同合成途径以及rRNA序列的研究等，都推动了真菌起源和演化的研究。 
——起源
真菌在地球上存在了多长时间至今还不清楚，对真菌的起源也没有确切的结论。真菌的有些特点和植物相似，然而在某些方面又和动物有相似之处。近年来根据营养方式的比较研究，真菌不是植物也不是动物，而是一个独立的生物类群——真菌界。 　　
①起源多元论：根据性器官的形态及交配方式，认为真菌来自藻类。壶菌目自原藻演化而来；水霉目演自无隔藻；毛霉自演接合藻；子囊菌和担子菌由红藻演化而来，这些藻类因丧失色素而从自养变成异养，生理的变化引起了形态的改变。这就是真菌起源的多元论观点。 　　
②鞭毛生物起源论：认为绝大多数真菌是起源于一种原始水生生物——鞭毛生物，单细胞，具一至数根鞭毛，有的有叶绿素和其他色素，有的无色素，具色素的演化为藻类，无色素的演化为菌类。真菌和藻类都起源于鞭毛生物。 
——演化
①生活方式上：水生真菌是原始型，演化的过程是由水生到陆生，并且推测在演化过程中还可能返回水生的习性。从而认为具有鞭毛的游动孢子较原始，而不游动的静止孢子是相对进化的。 ②营养方式上：腐生方式是原始的生活类型，寄生生活方式比腐生生活方式高级。专性寄生生活方式比兼性寄生生活方式高级，最高级的生活方式是特异性的专性寄生方式。 　　
③真菌结构上：由简单到复杂，再由复杂退化和失去特殊的结构，使结构简单化。新技术的广泛应用，对修订真菌的起源和演化提供了科学依据。目前认为真菌演化的主轴路线：鞭毛生物—壶菌—接合菌—子囊菌—担子菌